PacBio RS II测序仪革新HLA检测分型技术[创新技巧] - HLA基因检测新闻
PacBio RS II测序系统一经推出，其长读长、单分子碱基分辨率及无GC偏好性的特征即受到广大研究者的推崇，尤其是在HLA检测分型领域，国际上权威HLA检测分型机构相继引进PacBio RS II测序技术进行相关服务或试剂盒的研发，推起了PacBio在HLA研究应用领域的高潮。
HistoGenetics公司引进PacBio RS II测序系统
HistoGenetics公司和Pacific Bioscience公司于2014年4月29日共同宣布，鉴于PacBio测序平台能够测通HLA基因全长，从而提供更加精确的HLA分型的优势，购进两台PacBio RS II系统取代之前Sanger一代测序用于HLA分型。HLA是具有高度多态性的同种异体抗原，含有上万种等位基因以编码抗原蛋白识别外来抗原。准确的HLA分型对于器官移植、自身免疫疾病相关研究、药物超敏性研究等非常重要。之前采用Sanger及NGS短序列测序方法对HLA分型不够精确，为获得精确的分型结果，还需要额外的成本，PacBio长序列测序仪的出现为HLA精确分型提供了更好的解决方案。
Nezih Cereb博士，作为HistoGenetics公司CEO及创建者，接受采访时说：“作为HLA分型市场的领导者，我们一直致力于寻求可以精确地对基因组复杂区域的分析技术。而PacBio技术平台，借助于其业内领导地位的读长、精确度及快速测序时间优势，正是这个市场所需要的，我们迫切地想用PacBio RS II测序仪去发现HLA区域更多的信息。”
Anthony Nolan研究中心引入PacBio RS II测序系统
Anthony Nolan研究中心和美国太平洋生物科技公司（PacBio）于5月13日共同宣布，Anthony Nolan研究中心延续在技术方面革命性地创新的记录，通过购入两套PacBio RSII系统，实现对HLA基因全长进行单分子、实时的测序。
据Anthony Nolan研究中心介绍，之所以引进PacBio系统，正是看重了PacBio RSII系统在行业内最长的读长与最高的一致性精确度。借助于PacBio RSII系统，Anthony Nolan研究中心将可以在组织分型服务方面提供无与伦比的细节信息与精确度。
Anthony Nolan研究中心生物信息部主管Steven Marsh教授：“从我们机构的角度，Anthony Nolan研究中心一直是在技术上领先的机构。引进PacBio单分子实时测序技术，将帮助我们实现在等位基因水平上的分型。利用在分型方面最高的分辨率信息，我们可以在组织移植及其他应用方面进行精确的HLA分型，实现在骨髓及血液肿瘤细胞移植上更高的成功率。”
GenDx和Pacific Bioscience公司合作开发提供HLA全长基因测序相关产品
GenDx和Pacific Bioscience公司于2014年6月19日宣布，GenDx作为基于二代测序HLA分型的先驱将和Pacific Bioscience公司合作开发并提供全长HLA基因测序相关产品。
高分辨率的HLA分型及HLA全长基因测序使得能够准确区分HLA等位基因之间的异同，甚至是极小的差别。特异的HLA分型对免疫相关疾病的研究、药物超敏性研究及其他应用非常关键。因此，越来越多的人们对明晰整个HLA基因全长的特征感兴趣。GenDx目前提供HLA I类全长扩增试剂，未来将会在其NGSgo产品线提供基于PacBio RS II DNA测序系统开发的Barcode引物。这些试剂盒将会帮助研究者将不同来源的全长HLA I基因混合样品在同一个SMRT测序孔中完成。
Wietse Mulder博士，GenDx公司总经理，评价说：“全长HLA基因测序分型方法，最初是在GenDx公司基于Sanger测序方法开发的，这种方法也已经在上万种样品中进行测序并证明HLA两个等位基因都可以被扩增。我们非常兴奋现在PacBio的SMRT测序技术现在可以完全的完成基因分型并获得非常精确的分型结果，我们相信这种创新的技术将会在HLA领域提供很多组织分型方案。”
Mats Bengtsson博士，移植免疫实验室主任，评价说：“我们相信PacBio长度长配合其快速的测序时间将会在HLA分型应用领域掀起波澜。并且，这种基于全长的分型、精确的分型结果及鉴定发现新的等位基因的能力是史无前例的。”
HistoGenetics公司是世界范围内HLA基因分型领域的领导者。HistoGenetics公司作为这个领域的开拓者，已经为供体注册机构、供体中心、脐血库、移植中心、HLA分型实验室及药物基因组学应用提供了很多服务。
Anthony Nolan研究中心是英国慈善机构，致力于白血病及血液肿瘤病人研究领域。该机构成立于1974年，致力于为需要骨髓及干细胞移植的病人提供服务。对于一个成功的移植实验，需要供体与病人受体的HLA基因型完全匹配。HLA基因型鉴定首先需要对感兴趣区域做PCR扩增，克隆出大量拷贝，然后可通过SSOP（Sequence specific oligonucleotides）、SSP（Sequence specific primers）、SBT（Sequence based typing）三种方法进行HLA基因分型。
GenDx公司是荷兰一家分子诊断公司，开发并向市场提供体外诊断测试及服务、分析软件销售和技术培训同时是基于测序分型器官移植领域的开拓者。GenDx公司提供世界范围内移植实验室Sanger测序配套分析软件及试剂，后来增加基于二代测序平台测序整个测序流程的各种软件及试剂配套产品。
天津生物芯片利用PacBio平台，针对分离自土壤的GC含量的高达70%的细菌进行了基因组完成图测序，仅进行用了2个cell的测序，获得超过900Mb的测序数据，实现该菌基因组100X以上测序覆盖。通过PacBio数据De novo拼接获得该菌的基因组完成图序列；随后我们利用Illumina平台进行了位点校正，最终获得高准确性的基因组完成图。
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